Характерное для всех славянских языков, в том числе и для русского, название «мухомор» появилось благодаря инсектицидным свойствам гриба. Собственно, мухомор красный успешно применялся и применяется, как действующее средство против мух. Первоначально мухоморами и называли только мухоморы красные, но потом так стал называться целый род.
Своим латинским названием Amanita мухоморы обязаны горе Amanus, в окрестностях которой часто и много собирали съедобные грибы Amanit.
В начале XVIII в. И. Диллениус и Ж. Турнефор использовали название Amanita для всех пластинчатых шляпконожечных грибов, т.е первоначально оно приблизительно соответствовало роду Agaricus Линнея. П. А. Микели в 1729 году заменил его на Fungus, и до XIX в. оно редко встречалось в литературе. В 1797 г. Х. Персон вновь ввёл название Amanita для всех грибов, имеющих вольву. Э. Фрис сначала признал род Amanita Персона, но затем исключил из него виды с окрашенным споровым порошком. Розе в 1876 году описал род Amanitopsis, который вошёл впоследствии в состав рода Amanita.
В XX веке предпринимались попытки разделить род Amánit на множество более мелких родов, были предложены: Amanitella EARLE, 1909, Lepidella E.-J.GILBERT, 1925, Aspidella E.-J.GILBERT, 1940, Ariella E.-J.GILBERT, 1941, Amanitaria E.-J.GILBERT, 1940, Amplariella E.-J.GILBERT, 1940, Amanitina E.-J.GILBERT, 1940. Однако впоследствии от такого разделения отказались.